Joos Schuten naît à Rotterdam, sans doute à peu près avec le XVIIe siècle. C'est dans ce port qu'il passe sa jeunesse, nourri des récits d'aventure des équipages en goguette, des souvenirs des vieux marins dans les tavernes, rêvant au spectacle quotidien des innombrables vaisseaux qui partent, qui arrivent, qui reviennent. Lui aussi, comme tant d'autres, subit l'irrésistible appel du large. La toute jeune et déjà puissante Verenigde Oost-Indische Compagnie, la Compagnie Réunie des Indes-Orientales offre - pour un salaire dérisoire - un avenir aux jeunes garçons ambitieux en quête d'aventures et de richesses, et c'est comme aide cadet que Joos Schuten s'embarque en 1624 pour Batavia, la capitale stratégique de la Compagnie dans les Indes-Orientales.

Il est affecté au comptoir d'Ayutthaya, que les Hollandais ont ouvert dans la capitale siamoise en février 1608. Ce comptoir, jugé peu rentable, avait été fermé en 1622, (les Anglais avaient fermé le leur à la même époque, ils n'y reviendront qu'en 1661). Sous les ordres de Pieter van der Elst, le directeur du comptoir à cette époque, Joos Schuten fait ses premières armes, apprend la langue, les coutumes, les lois, pratique les relations plus ou moins diplomatiques avec les Portugais, les Anglais, et les hauts fonctionnaires siamois, en un mot il apprend son métier de commerçant. Il assiste aux événements de 1628, à la sanglante guerre de succession qui suit la mort de Phra Song Tam et amène l'usurpateur Phrasat Thong au pouvoir, et aux émeutes provoquées par les Japonais sous les ordres de Yamada Nagamasa. Sa relation est donc tout à fait documentée et offre un indéniable intérêt sur le Siam à cette époque.

En 1628, Joos Schuten gravit un nouvel échelon dans la hiérarchie de la VOC. Il est nommé second du nouveau directeur du comptoir d'Ayutthaya, Adrian de Marees. A cette époque, les rapports de la compagnie hollandaise avec le roi de Siam sont excellents : Adrian de Marees est fait Ok Luang et reçoit la boîte de bétel en argent qui accompagne traditionnellement cette nomination, Joos Schuten est fait Ok Khun, et reçoit l'épée d'or, symbole de sa nouvelle dignité. Mais une fois encore, la rentabilité du comptoir est jugée insuffisante par la Compagnie, qui décide sa fermeture en 1629. Joos Schuten retourne à Batavia, puis est envoyé trois ans au Japon dans l'île de Hirado.

La réouverture du comptoir a lieu en 1633. C'est cette fois Joos Schouten lui-même qui en est nommé directeur, avec pour second Jeremias van Vliet. Pendant les trois années qu'il demeure à Ayutthaya en cette qualité, son rôle est considérable. Il initie la construction d'un nouveau comptoir qui, en dépit de son coût considérable (les matériaux de construction introuvables au Siam sont expédiés de Batavia) suscite l'admiration de tous. Le roi Phrasat Thong le consulte régulièrement, et lui octroie même, en remerciement d'une action de représailles menée contre la reine de Pattani qui revendique son indépendance, la boîte de bétel en or et la dignité de Khunnang.